O LAPEEX foi criado em 2022 pelo Prof. Dr. João Carlos Moreno e oficializado pelo Conselho do ICHI-FURG no início de 2023.

O laboratório foi formado a partir da herança da infraestrutura de dois antigos laboratórios de arqueologia da FURG: o Laboratório de Ensino e Pesquisa em Arqueologia e Antropologia (LEPAN), fundado pelo Professor José Carlos Ruivo na década de 1980, e o Laboratório de Pré-História (PreLa), criado posteriormente pela Profa. Dra. Maria Farías Gluchy.